Najwyższą władzą OTOP są jego członkowie. Swoją wolę wyrażają oni podczas Walnych Zebrań Członków (WZC), które zwoływane są raz na trzy lata.
Pomiędzy Walnymi Zebraniami Członków władzę sprawuje Zarząd OTOP. Swoją wolę Zarząd wyraża podczas posiedzeń Zarządu, które zwoływane są raz na kwartał.
Pomiędzy posiedzeniami Zarządu, bieżące decyzje podejmuje Dyrektor Sekretariatu, który ma do dyspozycji pracowników zatrudnionych w Sekretariacie.
