Zgodnie z kodeksem dobrego postępowania administracyjnego Sekretariat Generalny KE potwierdza otrzymanie nadesłanej korespondencji w terminie 15 dni roboczych od momentu otrzymania. Wszystkie zgłoszenia uznane za skargi są rejestrowane w centralnym rejestrze skarg Sekretariatu Generalnego Komisji Europejskiej. Po rejestracji skargi informacja o tym fakcie przesyłana jest skarżącemu w terminie jednego miesiąca od dnia wysłania potwierdzenia odbioru. W przesłanej informacji wskazany zostaje numer skargi[1], który należy podawać w dalszej korespondencji oraz wyjaśnienie przebiegu dalszych faz postępowania. Należy pamiętać, że przyznanie numeru nie oznacza jeszcze, że na pewno zostanie wszczęte postępowanie w sprawie naruszenia.
W odniesieniu do naruszeń prawa wspólnotowego dotyczących ochrony obszarów Natura 2000 (Dyrektywa Parlamentu Europejskiego i Rady 2009/147/WE z dnia 30 listopada 2009 r. w sprawie ochrony dzikiego ptactwa[2] i Dyrektywa Rady 92/43/EWG z dnia 21 maja 1992 r. w sprawie ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory[3]) KE proponuje również wykorzystywanie specjalnego formularza pod nazwą “Prośba o udzielenie dodatkowych informacji dotyczących zagadnień z zakresu obszarowej ochrony przyrody”. Jest on odpowiednikiem standardowego formularza skargowego, który w tym przypadku jednak szczegółowo odnosi się m.in. do oceny oddziaływania na obszary Natura 2000. Podmiot informujący ma m.in. możliwość skomentowania wyników oceny oddziaływania na obszar Natura 2000, a także opisania rozwiązań alternatywnych, środków łagodzących oraz kompensacyjnych, które uważa za wykonalne, a które nie zostały uwzględnione przez władze krajowe.
Komisja powinna podjąć wszelkie starania, aby zakończyć procedurę w ciągu dwunastu miesięcy od momentu rejestracji – albo umorzyć postępowanie, albo wszcząć formalny etap postępowania (w uzasadnionych przypadkach termin ten może ulec wydłużeniu). Jeżeli Komisja zdecyduje się nie nadawać sprawie dalszego biegu, powinna poinformować skarżącego i umożliwić mu przedstawienie stanowiska. Skarżącemu nie przysługują praktycznie żadne środki odwoławcze w przypadku umorzenia postępowania; ETS w swoim orzecznictwie nie uznał możliwości wymuszenia na KE rozpoczęcia procedury z art. 226 Traktatu Wspólnoty Europejskiej. Teoretycznie, jeżeli postępowanie KE nosi znamiona złego zarządzania, można rozważać wniesienie skargi do Rzecznika Praw Obywatelskich UE. W praktyce jednak Rzecznik nie uznaje się za organ II instancji w sprawach skarg do KE – chyba, że zjawisko złego zarządzania jest ewidentne.
[1] W przypadku nadesłania kilku skarg dotyczących tego samego naruszenia są one rejestrowane pod jednym numerem.
[2] Dz. Urz. UE L Nr 20/7 z 26.01.2010 r.; tzw. Dyrektywa Ptasia.
[3] Dz. Urz. UE L 206/7 z 22.7.1992, z późn. zm.; tzw. Dyrektywa Siedliskowa.