Najwyższą władzą OTOP jest zwoływane raz na trzy lata Walne Zebranie Członków OTOP.
W okresie pomiędzy Walnymi Zebraniami działalnością Towarzystwa kieruje Zarząd OTOP.
Skład Zarządu OTOP kadencji 2020-2023:
- Prezes Zarządu: Tomasz Chodkiewicz, e-mail: tomasz.chodkiewicz@otop.org.pl
- Wiceprezes Zarządu: dr Dorota Ochocińska, e-mail: dorota.ochocinska@otop.org.pl
Członkowie Zarządu:
- Monika Klimowicz-Kominowska, e-mail: monika.klimowicz@otop.org.pl
- dr Romuald Mikusek, e-mail: romuald.mikusek@otop.org.pl
- Krzysztof Tabernacki, e-mail: krzysztof.tabernacki@otop.org.pl
- Przemysław Wylegała, e-mail: przemyslaw.wylegala@otop.org.pl
Komisja Rewizyjna jest organem nadzoru OTOP.
Skład Komisji Rewizyjnej OTOP kadencji 2020-2023:
- Przewodniczący: Waldemar Kamiński
Członkowie Komisji
- Agnieszka Kuczyńska
- Krzysztof Pawlukojć