Najwyższą władzą OTOP jest zwoływane raz na trzy lata Walne Zebranie Członków OTOP.
W okresie pomiędzy Walnymi Zebraniami działalnością Towarzystwa kieruje Zarząd OTOP.
Skład Zarządu OTOP kadencji 2023-2026:
- Prezes Zarządu: Stanisław Łubieński, e-mail: stanislaw.lubienski@otop.org.pl
- Wiceprezes Zarządu: Krzysztof Tabernacki, e-mail: krzysztof.tabernacki@otop.org.pl
- Marcin Borowik, e-mail: marcin.borowik@otop.org.pl
- Krzysztof Pawlukojć, e-mail: krzysztof.pawlukojc@otop.org.pl
Komisja Rewizyjna jest organem nadzoru OTOP.
Skład Komisji Rewizyjnej OTOP kadencji 2023-2026:
- Piotr Baranek
- Waldemar Kamiński
- Agnieszka Kuczyńska