W sytuacji, gdy Sekretariat uzna za zasadne wszczęcie postępowania, przesyła skargę państwu-stronie, wzywa ją do przedstawienia wyjaśnień i, w razie konieczności, dalszych informacji. O podjętych działaniach Sekretariat informuje Biuro Stałego Komitetu. Państwo-strona musi przedstawić Sekretariatowi swoje wyjaśnienia w terminie czterech miesięcy, jednakże konsekwencje uchybienia temu terminowi nie zostały określone. W świetle tych wyjaśnień, Sekretariat w porozumieniu z Biurem podejmuje decyzję, czy istnieją podstawy do wprowadzenia skargi do porządku obrad następnego posiedzenia Stałego Komitetu.
O wprowadzeniu skargi do porządku posiedzenia państwo-strona oraz zainteresowani są informowani co najmniej na dwa miesiące przed datą posiedzenia. Co istotne, organizacja ekologiczna może wziąć udział w takim posiedzeniu na prawach obserwatora. Natomiast w okresie pomiędzy posiedzeniami Stałego Komitetu, w celu przyspieszenia rozwiązania trudnych i pilnych spraw Biuro – za zgodą zainteresowanych państw-stron – może zdecydować o przeprowadzeniu oceny na miejscu.
Po skierowaniu sprawy na posiedzenie Stałego Komitetu, Sekretariat albo (za zgodą Przewodniczącego lub państwa-strony) zainteresowany obserwator przedstawia skargę i może zaproponować:
Jeżeli chodzi o rekomendacje, to są one jawne. Przekazuje się je państwom–stronom do realizacji, przy czym państwa przynajmniej raz w roku powinny złożyć sprawozdanie z wdrażania rekomendacji.
Z kolei ocena na miejscu dokonywana jest przez specjalną delegację, w skład której wchodzą członkowie Sekretariatu Konwencji oraz niezależni eksperci. Delegacja taka spotyka się ze wszystkimi zainteresowanymi stronami, a także przeprowadza własną oceną zagrożeń dla danego gatunku lub siedliska. Co istotne, zainteresowane organizacje ekologiczne powinny za pośrednictwem krajowego Ministerstwa Środowiska złożyć oficjalny wniosek o spotkanie z delegacją Konwencji.
Otwarcie akt sprawy oznacza natomiast, że Biuro obejmie sprawę stałym monitoringiem. Dla państwa-strony oznacza to konieczność przedkładania co najmniej raz do roku sprawozdania na temat stanu sprawy. W większości wypadków, państwa zostają zobowiązane do przedkładania takich sprawozdań dwa razy do roku – przed wiosennym i jesiennym posiedzeniem Biura. Niestety, rządy państw-stron nie zawsze wywiązują się z tego obowiązku, co opóźnia rozwiązywanie konkretnych spraw (np. sprawa jest omawiana dopiero na następnym posiedzeniu Stałego Komitetu). Dla utrzymania porządku obrad posiedzenia Stałego Komitetu niezwykle istotne są zatem sprawozdania (informujące o rozwoju zaskarżonej sytuacji i zawierające aktualizacje wcześniej podanych informacji) sporządzane przez organizacje pozarządowe (sprawozdania te mogą również wymusić na państwie-stronie złożenie własnego sprawozdania).
Zgodnie z Konwencją Berneńską, decyzje Stałego Komitetu podejmowane są w drodze konsensusu. Skutkiem tego otwarcie akt sprawy, czy przyjęcie rekomendacji, może zostać z łatwością zablokowane. Istnieje co prawda możliwość podjęcia stosownego rozstrzygnięcia w drodze głosowania większością 2/3 głosów, jednak sposób ten jest stosowany jedynie w wyjątkowych sytuacjach.
Co do zamknięcia akt sprawy, to po zbadaniu przez eksperta sprawozdania złożonego przez państwo-stronę lub po przeprowadzeniu oceny na miejscu Stały Komitet rozstrzyga, czy problem związany z naruszeniem Konwencji Berneńskiej został rozwiązany.
O zamknięciu akt sprawy decyduje się, podobnie jak o ich otwarciu, w drodze konsensusu, a w szczególnych wypadkach w drodze głosowania.
Rozwiązanie sprawy za pomocą instrumentów przewidzianych Konwencją Berneńską trwa co najmniej rok. W tym czasie nie wolno zapominać o aktywnym uczestniczeniu w postępowaniu, m. in. poprzez przesyłanie sprawozdań co do aktualnego stanu sprawy, udział w posiedzeniach Stałego Komitetu, czy lobbing wśród państw-stron w celu przyjęcia projektu rekomendacji.