Ostoje IBA to miejsca o najwyższym priorytecie dla efektywnej ochrony ptaków.
Wyznaczenie ostoi ptaków nie zapewnia jednak formalnej ochrony danego terenu – jest to jedynie wskazanie, które miejsca należy chronić w ramach istniejących form ochrony obszarowej. Ostoje ptaków IBA powinny więc być obejmowane ochroną jako parki narodowe, rezerwaty, czy też inne obszary chronione.
Na terenie państw Unii Europejskiej przyjętą praktyką jest obejmowanie ostoi ptaków IBA ochroną jako obszary specjalnej ochrony ptaków w ramach Natura 2000.
Wyznaczanie obszarów ptasich Natura 2000 w oparciu o katalogi ostoi ptaków IBA dla państw członkowskich UE zostało usankcjonowane dwoma precedensowymi wyrokami Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości. Pierwszy z nich to sprawa C-355/90, Komisja WE p. Hiszpanii [1993] ECR I-4221 (’Santoña Marshes’) wymagający objęcia ochroną jako obszar „ptasi” terenu wskazanego jako IBA. Drugi to orzeczenie TSWE z 1998 r. w sprawie C-3/96/Komisja WE p. Holandii – wymagające od członka UE wyznaczenia bardziej kompletnej sieci obszarów ptasich Natura 2000 podając katalog ostoi ptaków IBA jako referencje. Warto ponadto dodać, że jedynym kryterium branym pod uwagę przez Komisję Europejską podczas wyznaczania obszarów Natura 2000 jest kryterium naukowe, a przyczyny społeczno-ekonomiczne przedstawiane przez zainteresowane strony nie mogą być podstawą do zmiany ich granic. Stanowisko KE w tej kwestii zostało poparte orzeczeniem TSWE w sprawach C-157/89 Komisja p. Włochom oraz C-60/05 WWF Italia. Po tych orzeczeniach krajowe listy ostoi ptaków traktowane są przez Komisję Europejską jako materiał referencyjny do wyznaczania obszarów ptasich Natura 2000.
Ostoje ptaków IBA a sieć Natura 2000 w Polsce
W naszym kraju sieć obszarów specjalnej ochrony ptaków Natura 2000 tworzona była w odniesieniu do publikacji OTOP z 2004 roku „Ostoje ptaków o znaczeniu europejskim w Polsce” (red. Sidło i in.). Publikacja ta wskazała 140 obszarów spełniających kryteria ostoi ptaków IBA. Wszystkie te ostoje zostały przez w latach 2004-2008 (w kilku etapach) desygnowane przez Rząd Polski jako obszary Natura 2000.
Dane zebrane przez OTOP w latach 2004-2009 wskazywały, że sieć ostoi ptaków przedstawiona w publikacji z roku 2004 jest niekompletna. W roku 2010 OTOP wydał nową publikację „Ostoje ptaków o znaczeniu międzynarodowym w Polsce” (red. Wilk i in., patrz Do pobrania), która oprócz przedstawienia aktualnych danych dla wszystkich 140 ostoi IBA zidentyfikowanych wcześniej, wskazuje również 34 nowe obszary, spełniające kryteria ostoi ptaków IBA. Publikacja z roku 2010 stanowi więc aktualnie listę referencyjną dla tworzenia obszarów Natura 2000 i wszystkie 174 ostoje tam wymienione powinny zostać włączone do sieci Natura 2000.
W 2011 roku do sieci Natura 2000 dołączono kolejne 3 obszary spośród nowo wskazanych ostoi (Góry Izerskie, Sudety Wałbrzysko-Kamiennogórskie, Bagno Pulwy) i obecnie sieć składa się ze 144 obszarów specjalnej ochrony ptaków Natura 2000.
Status nowo proponowanych ostoi ptaków IBA
Nowe ostoje ptaków, zaproponowane w roku 2010 stanowią oficjalną listę referencyjną do tworzenia obszarów specjalnej ochrony ptaków Natura 2000 („Shadow List”). Ponieważ zapisy Dyrektywy Ptasiej, szczególnie artykuł 4(4) odnoszą się także do obszarów, które kwalifikują się do włączenia do sieci Natura 2000, ale jeszcze nie zostały do niej włączone (patrz m.in. wyroki ETS nr C-388/05, C-96/98, orzeczenia Wojewódzkich Sądów Administracyjnych nr II Sa/Gd 370/08, IV Sa/Wa 84/09), na obszarach nowo proponowanych ostoi należy podjąć właściwe kroki w celu uniknięcia powstawania zanieczyszczenia lub pogorszenia warunków naturalnych siedlisk lub jakichkolwiek zakłóceń wpływających na ptaki. Dopiero po włączeniu tych obszarów do sieci Natura 2000 możliwe będzie rozpatrywanie możliwości realizacji działań mogących negatywnie oddziaływać na przedmioty ochrony tych obszarów, w oparciu o ocenę oddziaływania na obszar Natura 2000 (zgodnie z art. 6(3) Dyrektywy Siedliskowej).