Ogólnopolskie Towarzystwo Ochrony Ptaków wypowiada się za inną lokalizacją lotniska niż w Modlinie, z uwagi na położone w jego najbliższym sąsiedztwie obszary specjalnej ochrony ptaków sieci Natura 2000, jak również z uwagi na znajdujące się w pobliżu przedsięwzięcia miejsca żerowania i odpoczynku w trakcie wędrówek tysięcy ptaków wodno-błotnych, co stwarza groźbę kolizji samolotów z ptakami, istotną przy dużej skali planowanej liczby operacji lotniczych dziennie.
Ze względu na brak rozpatrzenia wariantów alternatywnych dla lokalizacji tej inwestycji oraz niewyczerpujący – w stosunku do unijnego prawa ochrony przyrody, w tym wymogów Dyrektywy Ptasiej – zakres sporządzonego raportu oddziaływania budowy i eksploatacji omawianego lotniska na środowisko, OTOP odwołał się od wydanej w 2009 roku decyzji środowiskowej w Samorządowym Kolegium Odwoławczym w Warszawie.
Pomimo ww. braków, decyzja została utrzymana w mocy przez SKO, a następnie uchylona przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie. Jednym z powodów uchylenia był brak analizy wpływu inwestycji na planowany w dolinie Narwi obszar Natura 2000.
8 października 2010 ruszyła budowa lotniska w Modlinie. Inwestor rozpoczął prace z naruszeniem prawa, bez ważnej decyzji środowiskowej i z pogwałceniem artykułu 33 ustawy o ochronie przyrody.
12 października Dziennik Gazeta Prawna opublikował artykuł, którego autor sugeruje, że celem oprotestowania lokalizacji lotniska w Modlinie jest chęć uzyskania przez OTOP korzyści materialnych. Redaktor Cezary Pytlos na poparcie swojej tezy łączy działania dwóch niezależnych organizacji – Ogólnopolskiego Towarzystwa Ochrony Ptaków – które protestuje przeciwko budowie lotniska oraz Polskiego Towarzystwa Ochrony Ptaków, które przed kilkoma laty było autorem projektu kompensacji. Projekt ten miał polegać na wykupie gruntów bagiennych w Puszczy Białej, lecz został według dostępnych nam informacji odrzucony.
Autor tekstu posługuje się szeregiem insynuacji oraz niedomówień, których celem jest przedstawienie środowiska ekologów jako gotowego do odstąpienia od swojego stanowiska w zamian za korzyści materialne.
Ogólnopolskie Towarzystwo Ochrony Ptaków stanowczo sprzeciwia się nieuprawnionym i będącym przykładem nierzetelności dziennikarskiej sugestiom autora artykułu. W związku z rażącą nierzetelnością przedstawionych w „Dzienniku Gazecie Prawnej” informacji Zarząd OTOP rozważa możliwości wystąpienia” na drogę prawną.