Jeżeli KE uzna, że skarga jest zasadna i państwo członkowskie uchybiło swoim zobowiązaniom wynikającym z prawa wspólnotowego, wszczyna postępowanie z art. 258 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej. Postępowanie to ma dwie fazy – pierwsza toczy się przed KE, druga przed Trybunałem Sprawiedliwości.
Faza pierwsza to nieformalne konsultacje pomiędzy KE a państwem członkowskim. Jest ona zwykle wykorzystywana do zebrania informacji w celu ustalenia i określenia kwestii prawnych dotyczących zgłoszonej sprawy. Po zbadaniu faktów w świetle przepisów i priorytetów ustalonych przez Komisję, zapada decyzja o tym, czy zostanie wszczęte formalne postępowanie przeciwko państwu członkowskiemu.
W tej fazie możliwe jest osiągnięcie porozumienia z państwem członkowskim, ale sam proces dochodzenia do konsensusu nie jest transparentny. Komisja Europejska z zasady odmawia ujawniania szczegółów dotyczących tych konsultacji, ponieważ może to stanowić zagrożenie dla dialogu pomiędzy Komisją a państwem członkowskim. Tak więc wnoszący skargę nie ma tutaj informacji o przebiegu nieformalnych konsultacji i nie zna argumentacji państwa członkowskiego.
Na etapie nieformalnych konsultacji między KE a państwem członkowskim ważne jest, aby regularnie informować KE o stanie sprawy i aktualizować (w miarę potrzeby) złożoną skargę.
Jeżeli nieformalne konsultacje nie przyniosą zadowalających rezultatów,
a KE uzna, że mogło dojść do naruszenia przepisów prawa wspólnotowego, rozpoczyna się faza druga – część formalna postępowania. Zostaje ona zainicjowana poprzez wystosowanie do państwa członkowskiego listu ostrzegawczego z wezwaniem do usunięcia uchybienia (Letter of Formal Notice). List ten zawiera szczegółowe zarzuty stawiane państwu członkowskiemu, a także wyznacza termin na przedstawienie przez państwo swojego stanowiska w sprawie. Gdy strony ponownie nie osiągną kompromisu, Komisja przedstawia tzw. uzasadnioną opinię (Reasoned Opinion), wyznaczając państwu członkowskiemu kolejny termin na ustosunkowanie się do zarzutów (z reguły są to dwa miesiące).
Jeśli we wskazanym terminie państwo członkowskie nie podejmie działań w celu usunięcia stanu niezgodnego z prawem, Komisja może wnieść sprawę do Trybunału Sprawiedliwości. Prawo to przysługuje wyłącznie KE – nie mają go więc bezpośrednio wnoszący skargę.
Trybunał Sprawiedliwości z reguły wydaje orzeczenie w terminie dwóch lat od daty wniesienia skargi, a jego wyroki różnią się od wyroków sądów krajowych. W swoim orzeczeniu ETS stwierdza bowiem, że doszło (lub nie doszło) do naruszenia przepisów – nie może on jednak uchylić niezgodnego z prawem wspólnotowym przepisu krajowego ani zmusić administracji państwowej do uczynienia zadość roszczeniom osób czy instytucji. To władze danego kraju muszą podjąć działania niezbędne w celu dostosowania się do wyroku Trybunału Sprawiedliwości i uregulowania sytuacji będącej powodem skargi. Jeżeli państwo członkowskie tego nie uczyni, Komisja może po raz kolejny wnieść sprawę do ETS i zwrócić się do niego o nałożenie na to państwo kary pieniężnej (w formie ryczałtu lub kary okresowej) do czasu usunięcia uchybień.
Przykład: Wyrok Trybunału z dnia 7 kwietnia 1992 r. w sprawie C-45/91 Komisja v. Grecja.
Grecja nie zapewniając, iż odpady są bezpiecznie unieszkodliwiane, nie wdrożyła wszystkich niezbędnych środków w celu wykonania wyroku Trybunału w sprawie C-45/91 Komisja v. Grecja. W związku z tym ETS nałożył na Grecję karę pieniężną w wysokości 20 000 EURO za każdy dzień opóźnienia w realizacji działań niezbędnych do zastosowania się do wyroku
w sprawie C-45/91.
W praktyce do wtórnego postępowania przed ETS dochodzi jednak niezwykle rzadko, gdyż pierwszy wyrok ETS (a nawet samo skierowanie sprawy przez KE do ETS) jest już na tyle poważnym sygnałem dla państwa członkowskiego, że bezpośrednio po nim podejmowane są niezbędne środki naprawcze.