Celem Konwencji o ochronie gatunków dzikiej flory i fauny europejskiej oraz ich siedlisk, sporządzonej w Bernie dnia 19 września 1979 r. jest ochrona gatunków dzikiej fauny i flory oraz ich siedlisk naturalnych, zwłaszcza tych gatunków i siedlisk, których ochrona wymaga współdziałania kilku państw. Konwencja ma również na celu wspieranie współdziałania w tym zakresie. Szczególny nacisk położono na ochronę gatunków zagrożonych i ginących, włączając w to gatunki wędrowne.
Konwencja Berneńska zawiera nie tylko ogólne zobowiązania w zakresie ochrony siedlisk dzikiej flory i fauny, ale także postanowienia szczegółowe w zakresie ochrony ścisłej. W efekcie procedury dotyczące ochrony fauny, flory i ich siedlisk w procesie inwestycyjnym ustanawiane są na poziomie prawa krajowego. Natomiast w zakresie ochrony ścisłej zakazy ustanowione Konwencją są na tyle precyzyjne i jasne, że nadają się do bezpośredniego stosowania; dotyczy to zwłaszcza zakazów niszczenia okazów gatunków dzikiej flory z Załącznika I oraz zakazów względem okazów gatunków zwierząt z Załącznika II – zakazane jest tutaj m. in. umyślne uszkadzanie lub niszczenie miejsc rozrodu lub odpoczynku oraz umyślne niepokojenie dzikich zwierząt, zwłaszcza w okresie rozrodu, wychowu młodych lub snu zimowego, jeżeli takie postępowanie będzie miało znaczące skutki w odniesieniu do celów Konwencji.
Odstępstwa od tych zakazów (zarówno w odniesieniu do fauny, jak i flory) mogą być stosowane jedynie, jeżeli nie istnieje inne zadowalające rozwiązanie, a stosowanie wyjątku nie będzie miało ujemnego wpływu na przetrwanie danej populacji.
Wyjątki można stosować z następujących powodów:
Ponieważ Dyrektywa Siedliskowa stanowi jedno z narzędzi wdrażania postanowień Konwencji Berneńskiej na terenie Unii Europejskiej, mechanizmy egzekwowania postanowień tej Konwencji służyć mogą jednocześnie dla realizacji celów ochrony obszarów Natura 2000 – zwłaszcza że organy Konwencji Berneńskiej niejednokrotnie angażują się w procesy inwestycyjne istotne z punktu widzenia tej Konwencji.
Za takie procesy można uznać te, w których:
Podobnie, jak w przypadku pozostałych międzynarodowych środków prawnych, podstawowym źródłem wiedzy o potencjalnych naruszeniach Konwencji są indywidualne skargi wnoszone przez osoby fizyczne lub organizacje ekologiczne.