Ogólnopolskie Towarzystwo Ochrony Ptaków (OTOP) stoi na stanowisku, że wycięcie 36% drzew znajdujących się w Ogrodzie Krasińskich będzie miała bardzo negatywne skutki dla występujących tam ptaków.
Badania realizowane w latach 2006-2012 przez Andrzeja Węgrzynowicza wykazały w sezonie lęgowym obecność w Ogrodzie łącznie 40 gatunków. Potwierdzono lęgi m.in.: dzięcioła dużego, grzywacza, sierpówki, gawrona, kawki, sójki, kowalika, pełzacza ogrodowego, kwiczoła, kosa, pleszki, kopciuszka, zaganiacza, kapturki, muchołówki szarej, kulczyka, zięby, mazurka i wróbla. Prawdopodobnie do lęgów przystępowały również m.in. dzięcioł średni, śpiewak, gajówka i piegża.
Wysokie zróżnicowanie gatunkowe Ogród zawdzięczał obecności starych drzew i rozrosłych skupisk krzewów. Oferowały one dogodne miejsca do założenia gniazd, odpoczynku, do ukrycia się przed drapieżnikami. Przyciągały też owady stanowiące pokarm dla ptaków.
Ogród Krasińskich stanowił miejsce występowania wyjątkowej subpopulacji wróbla: 12 par gniazdowało w budkach lęgowych, a 14 w dziuplastych drzewach (dane z wiosny 2012). W granicach Warszawy podobne zjawisko stwierdzono tylko w Ogrodzie Saskim – reszta wróbli gniazduje w budynkach. Wycinka, wykonana bez wymaganej zgody Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska na zniszczenie siedliska gatunku objętego ochroną ścisłą, spowoduje dalsze wymieranie wróbla w Warszawie.
Prowadzone dotychczas rewaloryzacje warszawskich parków jednoznacznie wskazują, że wycięcie znacznej liczby drzew i krzewów doprowadza do spadku liczebności ptaków. Planowane nasadzenia jeszcze przez długi czas nie będą w stanie zrekompensować utraconych miejsc lęgowych ani zapewnić ilości pożywienia umożliwiającej pokrycie energetycznego zapotrzebowania piskląt oraz osobników dorosłych.
OTOP popiera pomysł prof. Macieja Luniaka z Muzeum i Instytutu Zoologii PAN, aby projekt rewitalizacji Ogrodu Krasińskich został zrewidowany pod kątem wprowadzenia rozwiązań, które przynajmniej częściowo zrekompensowałyby wyrządzone szkody przyrodnicze.