Dolina Biebrzy objęta jest ochroną w sieci Natura 2000 jako specjalny obszar ochrony ptaków „Ostoja Biebrzańska” oraz obszar specjalnej ochrony siedlisk „Dolina Biebrzy”. Centralna część doliny objęta jest ochroną jako Biebrzański Park Narodowy. Dolina Biebrzy znana jest nie tylko w Polsce, ale także w całej Europie jako obszar, w którym możliwe jest obserwowanie wielu gatunków ptaków. Jednym z najcenniejszych gatunków ptaków na tym terenie jest wodniczka. To niewielki, brązowo-złociście ubarwiony ptak, który przyciąga kochających ptaki turystów z całej Europy. Wodniczka jest globalnie zagrożona, a tu ma się jeszcze całkiem dobrze.
Chroniąc ten gatunek OTOP zaobserwował, że znane są stanowiska wodniczki w Dolinie Biebrzy także poza parkiem narodowym. Znajdują się one na terenie łąk, na osuszonych wcześniej fragmentach torfowisk. Dopóki łąki te były wykorzystywane, wodniczka mogła się nadal na nich gnieździć. Jednak teraz, gdy wiele z nich nie jest użytkowane gospodarczo , obserwuje się powolne zarastanie trzciną i krzewami. Dlatego też OTOP odnajduje właścicieli porzuconych działek i odkupuje je od nich, a następnie sam prowadzi właściwą dla wodniczki gospodarkę. W ten sposób od 2006 r powstały w dolinie Biebrzy 3 nowe społeczne rezerwaty.