Populacja kormorana w Polsce w 2010 roku szacowana była na 27 000 par lęgowych gniazdujących w 60 koloniach, populacja zimująca na 15-75 tys., zależnie od zimy oraz a migrująca na 100-300 tys. W Polsce wykluwa się rocznie ponad 50 000 kormoranów, z których pierwszej zimy nie przeżywa ok. 20 000.
Największa kolonia kormorana w Europie znajduje się w Kątach Rybackich na Pomorzu – 11,5 tys. par.
Kormoran jest gatunkiem objętym ochroną gatunkową częściową. Dzięki wejściu w życie Rozporządzenia Ministra Środowiska z dnia 12 października 2011 r. (i w obecnie obowiązującej wersji z 2014 r.) w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt czapla siwa i kormoran czarny, które wcześniej w obrębach hodowlanych były wyłączone spod ochrony i często odstrzeliwane, podlegają ochronie częściowej także w obrębach hodowlanych. Ich odstrzał, a nawet płoszenie, wymaga indywidualnie wydawanych zezwoleń regionalnych dyrektorów ochrony środowiska. Regionalny dyrektor ochrony środowiska na podstawie art. 56a. Ustawy o ochronie przyrody z dnia 16 kwietnia 2004 r. może zezwolić na odstrzał lub płoszenie w przypadku braku rozwiązań alternatywnych.
Ogólnopolskie Towarzystwo Ochrony Ptaków stoi na stanowisku, że kormoran gniazdujący w koloniach nad morzem nie powinien być płoszony ani odstrzeliwany. Także na stawach z dopłatami wodno-środowiskowymi odstrzał nie powinien być możliwy. W naszej opinii decyzje na odstrzał i płoszenie na jeziorach powinny być związane z koniecznością wcześniejszego wykazania szkód powodowanych przez ten gatunek, w oparciu o badania nad pokarmem ptaków. W ramach wydawanych decyzji dotyczących płoszenia istotne jest pozostawienie części zbiorników wodnych jako stref bez niepokojenia kormoranów.
W Polsce od kilku lat trwają prace nad opracowaniem planu zarządzania populacją kormorana. W dokumencie przygotowanym w 2011 roku przez Szkołę Główną Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie czytamy: „33 różne stosowane sposoby ograniczania szkód powodowanych przez kormorany (w tym najwięcej, bo 28 używanych na stawach hodowlanych) wraz z krótkim podsumowaniem ich wad, zalet i kosztów podaje raport REDCAFE (CARSS 2004). Zakłada się, że polepszenie warunków bytowych ryb sprzyja ich sprawniejszej reprodukcji a zwiększenie ilości kryjówek pozwala unikać rybom presji kormorana. Dotyczy to głównie małych rzek, gdzie prace hydrotechniczne zmniejszają ilość naturalnych schronień dla ryb.
Koszty renaturalizacji są wysokie, ale spektrum korzyści i ich trwałość duże, nie tylko dla ryb, ale dla jakości siedliska w ogóle. Także w dużych stawach mających charakter zbliżony do jezior, obserwowane są mniejsze zagęszczenia kormoranów niż na obiektach mniej naturalnych. W stawach o uproszczonej linii brzegowej i równym dnie, ale także w uregulowanych rzekach czy kanałach dobre efekty (Wielka Brytania) daje umieszczanie sztucznych, pływających wysp, które porastają roślinnością. Wody pod nimi stanowią miejsca schronienia dla ryb, w efekcie umieszczenie takich konstrukcji powoduje szybkie zmniejszenie liczby żerujących kormoranów (w stosunku do stawów bez refugiów).”
Strategia w proponowanym kształcie mówi także m.in. o możliwości zmian praktyki przy zarybieniach, zarówno przy zarybianiu siedlisk naturalnych jak i stawów. Szczególnie przy zarybianiu rzek i jezior istnieją możliwości minimalizacji oddziaływania kormorana – od zmian pory roku, przez wielkość materiału zarybieniowego (np. narybek jesienny zamiast wiosennego) po zmianę składu gatunkowego zarybień. Wszelkie tego typu działania powinny opierać się na dobrej znajomości lokalnych uwarunkowań, przede wszystkim znajomości siedliska i okresu wzmożonej aktywności kormoranów. Można także wprowadzać tzw. populacje buforowe – narybek mniej cennych gatunkowo ryb, które będą wyjadane w pierwszej kolejności. W przypadku stawów karpiowych już na etapie projektowania obiektu wskazane jest trzymanie narybku i kroczka w sąsiedztwie budynków i miejsc częstszego przebywania ludzi, co ma odstraszający wpływ na ptaki.
Inną metoda jest utrudnianie kormoranom dostępu do wody, np. poprzez pokrycie stawów siatką. Płoszenie przez częste patrolowanie jest najbardziej efektywne na mniejszych stawach. Żeby uzyskać trwały efekt musi być często powtarzane i w długim okresie. Płoszenie akustyczne jest mało skuteczne.
Plan zarządzania populacją kormorana przygotowano m.in. dla Szwajcarii. Okazał się on bardzo skuteczny w łagodzeniu konfliktów. Działania polegające jedynie na odstrzałach na dużą skalę (Bawaria, Francja) nie prowadzą do zmniejszenia się lokalnie liczby kormoranów ani obniżenia poziomu konfliktów.